Kota Manokwari terletak tepat di atas Semenanjung Papua yang berbentuk kepala burung. Dahulu benteng bagi tentara Jepang saat melawan Sekutu pada Perang Dunia II, yang akhirnya pasukan jepang diusir pada tahun 1944. Benteng tua peninggaln pasukan Jepang masih dapat ditemukan di hutan-hutan sekitar kota. Manokwari membentang sekitar Teluk Doreri, dan berada di antara perbukitan rendah pegunungan Arfak di selatan. Tempat dimana agama Kristen menyebar di Papua oleh dua misionaris Jerman CW Ottow dan GG Geissler. Sisa-sisa para misionaris perintis kini berada di Gereja Koawi di bawah monumen di luar kota dalam perjalanan menuju Pasir Putih. Lebih jauh ke bawah kearah pantai Pasir Putih, ada pantai karang yang dangkal di mana Anda dapat pergi snorkeling dan melihat aneka ragam kehidupan bawah laut.